Le parc abrite 25 espèces de coraux répertoriées et plus de 200 espèces de poissons récifaux, avec une visibilité dépassant régulièrement 15 mètres entre mars et octobre. Des frais de conservation de 25 MYR par adulte étranger et par jour financent des systèmes de bouées d'amarrage qui éliminent les dommages causés par les ancres et soutiennent les patrouilles de gardes forestiers appliquant les zones de non-prélèvement. Le snorkeling en Malaisie atteint ici sa forme la plus accessible : les récifs frangeants peu profonds se trouvent à 10 à 30 mètres du rivage, les lagons dépassent rarement quatre mètres de profondeur et les transferts en bateau depuis le terminal de ferry de Jesselton Point partent toutes les 30 minutes à partir de 08:30.
Le meilleur snorkeling en Malaisie se concentre sur trois sites. La baie sud-est de Pulau Mamutik possède d'épaisses tables d'Acropora à deux ou trois mètres de profondeur, fréquentées par des poissons-perroquets, des sergents-majors et occasionnellement des requins à pointes noires. Le récif nord-ouest de Pulau Sapi descend verticalement d'un mètre à 12 mètres, son mur étant parsemé de coraux mous et de gorgones ; des raies pastenagues à taches bleues se reposent dans les chenaux de sable à la base du tombant. Pulau Manukan, la plus grande île du parc, offre une promenade sur le récif de 300 mètres à marée basse, exposant des anémones de marée et des bernard-l'ermite, tandis que son flanc au vent abrite des massifs de coraux cerveaux qui attirent des bancs de fusiliers et parfois des tortues imbriquées. Les gardes du parc imposent une règle de non-alimentation ; les violations entraînent des amendes de 500 MYR. Les moussons saisonnières du sud-ouest entre mai et septembre réduisent parfois la visibilité à moins de 10 mètres et ferment les sites de snorkeling à Sabah, en Malaisie, pendant 24 à 48 heures lorsque la houle dépasse un mètre.
Le snorkeling à Langkawi, en Malaisie, et le snorkeling à Penang, en Malaisie, présentent d'autres modèles. Le parc marin de Pulau Payar à Langkawi, à 45 kilomètres au sud de l'île principale, nécessite un ferry de 90 minutes et propose des bancs de barracudas et parfois des requins-baleines entre novembre et mars, bien que l'affluence sur les plateformes atteigne 400 visiteurs par jour. Les récifs de Penang restent dégradés ; les snorkelers sérieux se rendent aux îles Perhentian, à 90 kilomètres au nord-est, où des rochers de granit abritent des colonies de poissons-clowns et où la visibilité moyenne est de 20 mètres. Le snorkeling à Bornéo, en Malaisie, s'étend au-delà de Sabah jusqu'à l'île de Sipadan, district de Semporna, où le récif frangeant plonge à 600 mètres et où les tortues vertes nichent toute l'année ; l'accès nécessite une réservation à l'avance via des opérateurs de plongée détenant des permis quotidiens limités. La plongée à Tioman, en Malaisie, sur la côte est de Pahang, ajoute des rencontres pélagiques (les raies mantas et les raies aigles fréquentent les chenaux de dérive de l'île de Renggis), mais nécessite une certification PADI Open Water pour les profondeurs dépassant 10 mètres.
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